<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Well, you don't need to remove the core defined image sizes to do what you want to do.<br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">
If I read you correctly, a conditional to check cpt is all you need, like..<br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">if ( get_post_type() == 'post' ) {<br>    if ( has_post_thumbnail() ) {<br>
        the_post_thumbnail('your_thumnail_id_for_posts');<br>    }<br>} elseif ( get_post_type() == 'customposttype' ) {<br>    if ( has_post_thumbnail() ) {<br>        the_post_thumbnail('your_thumnail_id_for_custom_post_types');<br>
    }<br>}<br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">You'd get a better response if you asked this on <a href="http://wordpress.org/support/">Support Forum</a>.</div></div>